В структуру предприятия входит 11 производственных филиалов. Каждый филиал является обособленным подразделением ГУП СК «КРАЙТЕПЛОЭНЕРГО», расположенным вне места нахождения предприятия и осуществляющим часть его функций, в том числе функции представительства. Филиал не является юридическим лицом и действует на основании положения.

Производственные филиалы осуществляют:

• эксплуатацию котельных и тепловых сетей;
• текущий и капитальный ремонт зданий, оборудования и сооружений, находящихся у него в эксплуатации;
• разработку предложения по комплексному развитию и совершенствованию схем теплоснабжения городов, районов края;
• анализ состояния производственного оборудования филиала с целью поддержания его в рабочем состоянии, ликвидации аварийности и эффективного использования;
• организацию работ по охране труда;
• контроль за рациональным использованием топливно-энергетических и материальных ресурсов, соблюдение лимитов потребления.